未来世界，科学感染了X病毒的小飞侠恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是科学2023年最新泛目录七天的时间，地球一半的小飞侠领土便宣告陷落。人们流离失所，科学躲在最后的小飞侠保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的科学南部博士（岸谷五朗 饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的小飞侠超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后，科学2023年最新泛目录鹫尾健（松坂桃李 饰）、小飞侠大月纯（刚力彩芽 饰）、科学大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的小飞侠发掘，经过连番常人难以想象的科学特训，他们成长为对抗恶魔党的小飞侠科学忍者队战士。某次战斗后，科学健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。 面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化……